基本情報

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尾形 善之

OGATA Yoshiyuki

オガタ ヨシユキ


所属組織

応用生命系

職名

准教授

ホームページ

http://www.biosci.osakafu-u.ac.jp/ogata/

研究室所在地(キャンパス名)

中百舌鳥キャンパス

担当学域・研究科等 【 表示 / 非表示

  • 生命環境科学域

  • 生命環境科学研究科・生命環境科学部

研究分野 【 表示 / 非表示

  • システムゲノム科学

  • 基礎ゲノム科学

  • 生物多様性・分類

  • 生命・健康・医療情報学

  • 応用分子細胞生物学

研究テーマ 【 表示 / 非表示

  • 配列相同性解析に基づく遺伝子の機能と進化の追跡

  • 遺伝子ホモロジー解析データベース Gcorn

  • COVID19統合情報データベースの構築

  • マイクロバイオーム解析データベース Micorn

  • 遺伝子発現解析データベース Xcorn

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研究内容 【 表示 / 非表示

  • (概要)ゲノムが公開されている全生物のゲノム規模で、遺伝子の配列相同性解析を実施し、生物群ごとにGcornデータベースを構築・維持管理・更新を行う。この解析結果は、遺伝子の進化と機能についての知見を与える。

    (キーワード) 遺伝子進化,遺伝子機能,ホモロジー,データベース,系統推定

  • (概要)ゲノムが公開されている全植物に対して、ゲノム規模で遺伝子の配列相同性解析を実施し、解析内容をGcorn plantデータベース上で公開して、遺伝子の進化と機能について追跡する。

    (キーワード) 遺伝子進化,遺伝子機能,ホモロジー,データベース,植物

  • (概要)ゲノムが公開されている全真菌類に対して、ゲノム規模で遺伝子の配列相同性解析を実施し、解析内容をGcorn fungiデータベース上で公開して、遺伝子の進化と機能について追跡する。

    (キーワード) 遺伝子進化,遺伝子機能,ホモロジー,データベース,真菌類

  • (概要)ウイルス遺伝子ホモロジー解析データベースGcorn viralの派生データベースとして、COVID-19の感染情報と遺伝子の配列相同性解析を連繋したデータベースを構築・維持管理・更新する。

    (キーワード) 遺伝子進化,遺伝子機能,ホモロジー,データベース,新型コロナウイルス感染症

  • (概要)ゲノムが公開されている全原核生物に対して、ゲノム規模で遺伝子の配列相同性解析を実施し、解析内容をGcorn bacteriaデータベース上で公開して、遺伝子の進化と機能について追跡する。

    (キーワード) 遺伝子進化,遺伝子機能,ホモロジー,データベース,原核生物

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取得学位 【 表示 / 非表示

  • 博士(農学),京都大学

  • 修士(農学),京都大学

所属学会 【 表示 / 非表示

  • 日本分子生物学会

  • 日本植物生理学会

  • ASPB

  • 日本木材学会

  • IAWA (International Association of Wood Anatomists)

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受賞 【 表示 / 非表示

  • 日本植物細胞分子生物学会奨励賞,2010年09月,日本植物細胞分子生物学会

 

研究シーズ 【 表示 / 非表示

  • 遺伝子の配列相同性解析

  • 各種生物のオミクス解析

著書 【 表示 / 非表示

  • 未利用バイオクスの活用技術と事業性評価.(バイオマス利用の設計図入手を目指した物質・情報資源の探索),サイエンス&テクノロジー株式会社,2010年09月,共著,菊地淳、尾形善之

  • Bioinformatics tools to discover co-expressed genes in plants,VILEY-VCH Verlag,2008年06月,共著,Y. Ogata, N. Sakurai, N.J. Provart, D. Steinhauser, L. Krall

  • Growth rings and tree growth in young para rubber trees from Peninsular Malaysia,UPM Press,2008年04月,共著,Y. Ogata, T. Nobuchi, M. Fujita

  • Seasonal characteristics of wood formation in Hopea odorata and Shorea henryana,UPM Press,2008年04月,共著,T. Nobuchi, Y. Ogata, S. Siripatanadilok

論文 【 表示 / 非表示

  • Gcorn Plant: A Database for Retrieving Functional and Evolutionary Traits of Plant Genes,Plant Physiology,2019年06月,Ogata Y, Kimura N, Sano R

  • ConfeitoGUI: A toolkit for size-sensitive community detection from a correlation network,PLoS One,2018年10月,Ogata Y, Mannen K, Kotani Y, Kimura N, Sakurai N, Shibata D, Suzuki H

  • Correlation between toll-like receptor 4 and nucleotide-binding oligomerization domain 2 (NOD2) and pathological severity in dogs with chronic gastrointestinal diseases,Veterinary Immunology and Immunopathology,2019年04月,Aono K, Azuma YT, Nabetani T, Hatoya S, Furuya M, Miki M, Hirota K, Fujimoto Y, Nishiyama K, Ogata Y, Mochizuki T, Tani H

  • Gene cloning, expression, and X-ray crystallographic analysis of a β-mannanase from Eisenia fetida,Enzyme Microb Technol,2018年10月,Ueda M, Hirano Y, Fukuhara H, Naka Y, Nakazawa M, Sakamoto T, Ogata Y, Tamada T

  • Pathway-specific metabolome analysis with 18O2-labeled Medicago truncatula via a mass spectrometry-based approach,Metabolomics,2018年05月,Kera K, Fine DD, Wherritt DJ, Nagashima Y, Shimada N, Ara T, Ogata Y, Sumner LW, Suzuki H

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授業担当科目 【 表示 / 非表示

  • ゲノム解析の基礎

  • ゲノム解析の基礎

  • バイオインフォマティクス特論

  • バイオインフォマティクス特論

  • バイオテクノロジー基礎実験

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特許 【 表示 / 非表示

  • 鈴木秀幸、萬年一斗、柴田大輔、尾形善之,2016年10月24日,2018年04月13日,相関ネットワーク解析プログラム